Helyettes államtitkárként Semjén legfőbb törekvése az volt, hogy minél kivételezettebb helyzetbe hozza a történelmi egyházakat, különös tekintettel a katolikusokra. Anyagi szempontból ez többé-kevésbé sikerült is, de az igazán nagy vállalkozása, a vallásszabadságról szóló törvény szigorítása az akkori ellenzék ellenállása miatt kudarcot vallott. (Az egyházalapítás szigorítását akarta elérni, de ehhez kétharmados parlamenti többségre lett volna szükség.) Talán e törekvésének is köszönhetően Semjén Zsolt rendkívül jó kapcsolatot ápolt és ápol a katolikus püspöki karral, mindenekelőtt Veres András püspökkel, a püspöki kar titkárával.

A Fideszben voltak, akik nem nézték jó szemmel, hogy a pozíciójához képest Semjén túlságosan is nagy önállóságra és hatalomra tett szert. Az is felmerült, hogy "érdemei elismerése mellett" külföldi szolgálatra küldik. Semjén azonban nem tette meg azt a szívességet, hogy elfogadja a felkínált lehetőséget. A Fidesz végül nem vitte kenyértörésre a dolgot: Orbán Viktor valószínűleg nem akart konfliktust a katolikus egyházzal.

Nyilvánvalóan a püspöki karnak is része van abban, hogy Semjén Zsolt félig-meddig bukott politikusból az évek során - a "megújuló KDNP" elnökeként - a Fidesz egyik fontos szövetségese lett. Ahogyan az MDF mind messzebbre távolodott a Fidesztől, úgy értékelődött fel egyre jobban a KDNP.

A kialakult helyzet Orbán Viktor számára ideális: a KDNP egy alig létező, önálló életre képtelen szervezet, amelynek viszont jól cseng a neve, és képes megszólítani a nagy egyházak iránt elkötelezett szavazók jelentős részét. Ami Semjén Zsoltot illeti: személyiségjegyei alapján nem szélsőséges, de gond nélkül képes a legszélsőségesebb nézetek hangoztatására. Így Orbán Viktornak nem kell leereszkednie olyan mélyre, hogy a "gusztustalan liberálisokkal" pofozkodjon, Semjén ezt vállalja helyette. Az emberek többsége elutasítja az egyházak beavatkozását a pártpolitikába, így Semjénnek köszönhetően Orbánnak nem kell minduntalan gesztusokat tennie az egyházak felé, de nem hagyja parlagon a híveket sem. A szereposztás egyaránt minősíti a szereposztót és azt, aki elvállalta a szerepet. Semjén jutalma: előkelő hely a Fidesz országos listáján.