Ajánlkozott már Oszama bin Laden elfogására, és egy saját "biblia" megírására is. A Törökországban szabadlábra helyezett Ali Agca állításai gyakran zavarosak és ellentmondóak voltak, sokak szerint azonban kétségtelen, hogy "a szürke farkas" legfeljebb annyira lehetett magányos elkövető, mint a Kennedy-gyilkosság végrehajtójaként ismert Lee Harvey Oswald.

A római Szent Péter téren 1981. május 13-án eldördülő pisztolylövések háttere azonban sem a pápa tavalyi halála, sem a ma 48 éves, olaszországi börtönévei alatt katolikus hitre tért Ali Agca szabadulása nyomán nem tisztázódott. (1981-től 2000-ig Agca Olaszországban ült börtönben. Amnesztiával szabadulva Róma Ankarának adta át a férfit, akit hazájában egy politikai gyilkosság miatt tíz évre ítéltek.

Az Ali Agca által végrehajtott római merényletben a KGB, a szovjet titkosszolgálat érintettsége 1982-ben merült fel először, amikor Agca feladta a magányos elkövető verzióját. Azt állította, hogy a keletnémet Stasi és a bolgár titkosszolgálat ügynökei képezték ki a kommunista rezsimek által támogatott venezuelai baloldali terrorista Ilich Ramirez Sanchez - a Magyarországon is megforduló, hírhedt Carlos - egyik táborában, ahová 1977-ben került. 1978-ban a török szélsőjobboldali "Szürke Farkasok" csoportba került, amelynek tagjaként ölte meg Ipekcit.

Letartóztatták, ám a bolgár titkosszolgálat révén Iránba szökött, ahol kapcsolatba került a szovjet konzulhelyettessel. Vlagyimir Kuzicskin, aki egyúttal a KGB iráni csoportjának főnöke is volt Agcát állítólag Khomeini ajatollah meggyilkolásával is megbízta. (Egyes amerikai források szerint az 1979-es iráni, a sahot megbuktató forradalom előkészítésében, szervezésében a szovjet titkosszolgálatok jelentős szerepet játszottak. Ám a szovjetek terve, hogy Iránban az akkoriban baloldali nézeteket valló "nemzeti" csoportokat juttassanak hatalomra, kudarcot vallott, Khomeini megjelenése összezavarta a képet.)

A Khomeini elleni akcióból semmi sem lett, Agca pedig ismét Bulgáriába, majd Rómába került, a KGB közreműködésével. Agca iráni kapcsolatait alátámasztja a Mitrohin-dosszié. (Vaszilij Mitrohin a szovjet titkosszolgálat archívumának munkatársa éveken át másolt le iratokat az 1918-1980-ra vonatkozó időszakra, majd 1992-ben eljuttatta Londonba, ahol aztán 2004-ben bekövetkezett haláláig lakott.)

A Mitrohin-iratok hitelessége vitatott. 2004-ben ezek alapján feltételezték, hogy 1970-ben egy szovjet tengeralattjáró 20 atomrakétát rejtett el Nápoly partjainál. A rakétáknak azonban nincs nyomuk. Ahogyan a KGB és Agca közötti kapcsolatnak sem, igaz, Kuzicskin Agca letartóztatása után Londonba szökött.

II. János Pál halálakor újra felidézték az egykori merénylet KGB-s verzióját, ám akkor az USA egykori moszkvai nagykövete, Jack Matlock jelentette ki: az amerikai titkosszolgálat az információk hoszszas ellenőrzése után úgy véli, a KGB-nek nem volt köze Ali Agca akciójához.

A Kartal börtön Isztambulban