Első vállalkozása a Komszomol fennhatósága alatt működő Fiatalok Tudományos Technológiai Alkotó Központja volt, amely közvetített a fiatal feltalálók és a vállalatok között. 1989-ben az elsők között hoz létre kereskedelmi bankot a Szovjetunióban. Hodorkovszkij 1995-ben fordult az olajipar felé, amikor 350 millió dollárért megvette a csőd szélén álló Yukost. Hodorkovszkij vezetése alatt a cég 2001-re 40 milliárd dolláros tőkéjű vállalattá nőtte ki magát.

A 90-es évek válsága után, Oroszország gazdaságilag és politikailag stabilizálódott. A putyini vezetés egyre több erőt érzett magában ahhoz, hogy a megregulázza a túlságosan megerősödött oligarchákat. A milliárdos egyre nyíltabban támogatta a Kreml ellenzékét; a politikai vezetés számára az utolsó csepp a pohárban az volt, amikor kiderült: a Yukos egyesült a Szibnyefttyel. 2003 októberében Hodorkovszkijt letartóztatták az Apatit részvénytársaság 20 százalékának jogtalan megszerzésének vádjával. Hodorkovszkij a Londonban élő milliárdos Berezovszkijjal és Guszinszkijjal szemben otthon vállalta a konfrontációt a Kremllel. A Chelsea futballklub tulajdonosa, Roman Abramovics más utat választott: Londonban él, de Oroszország távol-keleti régióját, Csukcs-földet kormányozza. Nem konfrontálódik, gesztusokat tesz a Kremlnek.