A tetemet Victor Loret találta meg a XIX. század legvégén a Királyok Völgyében, II. Amenhotep fáraó sírépítményében. A sír megtalálása az egyik legnagyobb felfedezés volt az egyiptológia történetében. Számos fáraó és egyéb előkelőség múmiája került elő onnan. Az egyik rejtett kamrában azonban három azonosíthatatlan múmia feküdt. Szarkofágjukból kiemelve, felirat nélkül dobták őket oda. A kivakart feliratok, s méltatlan elhelyezésük arra engedett következtetni, hogy a reformátor fáraó, Ekhnaton rokonai lehettek.

A kutatók megállapították, hogy a három múmia egyike egy fiatalember. A másik két múmia nő volt. Az egyiknek az Idősebb Nő nevet adták, amelynek fogait és csontjait két éve megvizsgálták, s kiderült, hogy a nő valójában 29 (plusz-mínusz 5 év) éves kora körül halhatott meg. Így már valószínűnek látszott, hogy a XVIII. dinasztia eltűnt királynője, Nofretiti lehet a múmia.

Fletcher most a múmia antropológiai jegyeit vizsgálta. Az úgynevezett Idősebb Nő nyaka feltűnően vékony és hosszú, hasonlatos a róla készült, ma Berlinben őrzött Nofretiti-mellszobron láthatóhoz. Ez jól kivehető annak ellenére, hogy a nő arcát halála után összezúzták. A múmia homlokán látszik az állandóan viselt, feszes királyi homlokpánt használata, s fülcimpáiba két-két lyukat fúrtak. Márpedig Egyiptom uralkodónői közül csak ketten viseltek fülcimpáikban két-két fülbevalót. Ezek egyike Nofretiti volt. A múmia feje kopaszra volt borotválva. Talán a homlokpánt állandó viselete miatt volt erre szükség.

Nofretiti Ekhnaton felesége volt, és egyben saját jogán Egyiptom társuralkodója. A fáraónő - akinek a neve egyébként azt jelenti: a Szépség megérkezett - sokáig Ekhnaton legkedvesebb felesége volt. Kr. e. 1333 körül azonban nyomtalanul eltűnt a történelem színpadáról.

Ekhnaton fáraó vezette be az addig főistenként tisztelt Amon helyett Aton kizárólagos kultuszát, vagyis egyetlen isten imádatát Egyiptomban. Ezzel a lépésével egyúttal megfosztotta az Amon-papokat is igen jelentős hatalmuktól. Ekhnaton halála után visszatértek az Amon-papok, és - mint Ekhnaton utóda, Tutanhamon neve is bizonyítja - visszaállították Amon tiszteletét. Ekhnaton nevét, feliratait, ábrázolásait mindenhonnan kivésték, a róla és családtagjairól készült szobrokat összetörték, múmiájukat eltüntették. Még a nevüket is a feledésbe akarták taszítani. A véletlenül megmaradt feliratokból, ábrázolásokból csak annyi vehető ki, hogy Nofretiti eltűnt Ekhnaton mellől, és rövid időre egy bizonyos Szemenkharé foglalta el helyét Ekhnaton mellett, aki a királynak vagy a fia, vagy valamilyen rokona volt. Az eltaszított királynő emlékét tehát kétszeresen is megsemmisítették. Az utókort megelőzve, már férje is igyekezett elfeledtetni népével.

Mivel a reformátor fáraóról nagyon keveset tudunk, rendkívüli jelentőségű minden új információ, ami vele kapcsolatos.

Susan James, a Cambridge Egyetem egyiptológusa, aki maga is vizsgálta a három múmiát, azonban kételkedik abban, hogy egyikük a szépséges fáraónő lenne. "A 61072-es számú múmiával kapcsolatban csak azt állíthatjuk biztosan, hogy a XVIII. dinasztia egyik fiatal előkelősége. DNS-vizsgálatok nélkül azonban nem tudhatjuk pontosan, hogy melyik".