A most elbukott törvényjavaslat látszólag orvosolta volna a fő kifogást: az országgyűlési döntés helyett visszatért volna a bírói bejegyzéshez. Pontosabban: nyilvántartásba vételhez és bejegyzéshez, merthogy a törvényjavaslat megkülönböztet „nyilvántartásba vett" és „bejegyzett" egyházakat (nem törődve azzal, hogy ezek szinonimák), az szja-rendelkezések számához mint normatív kritériumhoz kötve az egyikbe vagy a másikba való bekerülést, a korábban alkalmazott kritériumok (taglétszám, illetve a hazai és nemzetközi jelenlét időtartama) helyett. (Alighanem azért, mert a Magyar Evangéliumi Testvérközösséget szolidaritásból sok derék ateista támogatta tagként, mert akkor ez volt a kritérium, de egy százalékról akkor nem rendelkezett a javára.)
A törvényjavaslat az első osztályú, bejegyzett egyházak esetében „átfogó megállapodás" megkötését tette volna lehetővé az egyházzal az állam számára, míg a másodosztályú, nyilvántartásba vett egyházak esetében csak sima megállapodásét. Hogy ezek mit tartalmazhatnak és mit nem, annak semmilyen normatív kritériuma nincs. Arról sincs szó, hogy a megállapodások csupán finanszírozásról, vagyoni kérdésekről szólnának. Szólhatnának például az állami iskolákban folyó hitoktatásról, alkalomadtán az egyházi házasság állami elismeréséről vagy bármiről. Viszont az átfogó megállapodásokat az Országgyűlés törvényben hagyná jóvá. Azzal válnak az erre kiválasztott egyházak az alaptörvény szerinti „bevett egyházzá". Így hozzák vissza a nyíltan politikai mérlegelést, ha nem is a névleges egyházzá nyilvánítás, de a működés anyagi feltételeit is biztosító megállapodások megkötése, vagy meg nem kötése, illetve tartalma révén.
Akkor értjük meg a törvényjavaslat jelentőségét, ha összehasonlítjuk azt a Horn-kormány idején, 1997-ben született szabályozással. Ez a szabályozás a Horn Gyula kezdeményezésére létrejött vatikáni megállapodáshoz kapcsolódik, amely sajátos kompromisszum volt két törekvés között. Horn rendezni akarta az állam és a katolikus egyház viszonyát, biztosítva a szocialista kormányzás számára az egyház lojalitását. Az akkori kormánypártok, az MSZP és az SZDSZ ugyanakkor választási programjukban célul tűzték ki, hogy az 1990. évi IV. törvényt, amely jogi értelemben mondta ki állam és egyház elválasztását, kiegészítse a pénzügyi elválasztással is. Az egyházak tevékenységét ne az éves költségvetésben biztosítsa az állam, ami kölcsönös függőséget teremt állam és egyházak között, hanem legyenek az egyházaknak erre saját forrásaik. Ilyen forrásnak kínálkozott a személyi jövedelemadóból az egyházakat támogatni kívánó polgárok rendelkezésével az egyházaknak juttatott összeg, a második egy százalék. A pénz a költségvetésből jön ugyan (hiszen már befizetett adóról van szó), de a döntést nem az állam, a kormány vagy az Országgyűlés hozza, hanem maguk a polgárok. Szintén normatív forrásként vezették be az annak idején államosított és vissza nem adott ingatlanok után fizetendő járadékot. Ez a két forrás szolgál az egyházak hitéleti tevékenységének finanszírozására. (Ugyanakkor átmenetileg az szja-rendelkezésekből származó összegeket az állam meghatározott minimumig kiegészítette, hogy az induláskor várható tanulási időszak ne okozzon bizonytalanságot az egyházak működésének finanszírozásában. Feltételezték, hogy a tanulási folyamat végeztével a kiegészítés megszüntethető.)
Az egyházak közcélú, tehát oktatási, egészségügyi és szociális intézményeinek finanszírozását teljes mértékben átvállalta az állam, vagyis nemcsak azt a részt, amit az önkormányzati és magánintézmények esetében költségvetési normatíva szerint fizet az állam, hanem azt is, amit az önkormányzatok vagy magánfenntartók maguk fedeznek. (Hogy ez mennyi, arról folyt azután évről évre a vita, sokszor kemény politikai csatává válva. Az egyházi iskolák teljes állami finanszírozása teremtett nagyon erőteljes érdekeltséget az önkormányzati iskolák tömeges átadására.) Az egyházak folyó működési kiadásaihoz más állami pénz nem járt, például a hitoktatók javadalmazására, az alaptevékenység finanszírozására a felsorolt forrásoknak kellett fedezetet nyújtani, azokat ennek figyelembevételével határozták meg. Mindenesetre az 1997-es szabályozás normatív alapra helyezte az egyházak finanszírozását, és pénzügyi oldalról is megalapozta az állam és az egyházak elválasztását. A finanszírozás szabályai kis és nagy, régi és új egyházakra nézve azonosak voltak (miközben persze a vissza nem adott ingatlanok utáni járadékban értelemszerűen csak a régiek részesülhettek), az állam nem tehetett különbséget szeretett és nem szeretett egyházak és így – alkotmányos szempontból ez a lényeg – azok hívei között.
Néhány ponton már az első Orbán-kormány is szakított az 1997-es szabályozással. Külön átvállalta a költségvetésből a hitoktatók fizetését és a vallásra vonatkozó népszámlálási adatokhoz akarta kötni az szja-rendelkezések szerinti támogatás állami kiegészítését. Mindamellett az egyházfinanszírozás logikája többé-kevésbé normatív maradt. Az új törvényjavaslat azzal, hogy az állam számára lehetővé tenné a megállapodások megkötését, de nem tenné kötelezővé, miközben teljesen nyitva hagyja ezek tartalmát, jelezve, hogy másfajta, átfogó megállapodásokat köt az állam az első osztályú („bevett") egyházakkal, mint a többiekkel, elkötelezi az államot a nagy („történelmi") egyházak mellett, és az állam (a parlamenti többség) kénye-kedvének szolgáltatja ki a többit, még ha a bírósági nyilvántartásba vétellel névleg el is nyernék az egyházi státust.
Orbán számos gesztussal, többek között a „keresztény Magyarország" szóhasználattal és a „keresztény Európa" követelésével teszi világossá: nem szekularizált államot épít, hanem olyat, amelyben az egyházhoz – a „történelmi" egyházakhoz – tartozás a norma, más egyházak követése, illetve az egyházon kívüliség pedig deviancia. Ezzel a törvénnyel egyértelművé vált volna ennek a jogrendszerben történő kifejezése. A törvényjavaslat azonban nem kapta meg a kétharmadot: a demokratikus pártok nem fogadták el, hogy a bejegyzésről szóló parlamenti döntést másfajta, kormány általi különbségtétellel váltják ki, és valamiért a Jobbik sem támogatta a javaslatot. Így az orbáni törekvés a továbbiakban is az egyházi státusról szóló parlamenti többségi döntésben fejeződik ki.
Ma ez természetesen Orbán és az általa uralt párt felelőssége. De a tendencia nem most kezdődött és nem is 2010-ben. Állam és egyház közjogi összekötése a vatikáni megállapodással kezdődött, azt pedig Horn Gyula kötötte. Azzal a megállapodással a magyar állam lemondott arról, hogy maga döntsön az egyházügy szabályozásáról, az egyházaknak nyújtott kedvezményekről. Bármilyen módosításhoz hozzá kell járulnia a katolikus egyháznak. Azzal a megállapodással kötelezte magát az állam az egyházi iskolák teljes finanszírozására, s azzal jött létre erős érdekeltség az önkormányzati iskolák átadására az egyházaknak. Horn pedig azért dolgoztathatta ki, majd köthette meg azt a megállapodást, mert míg az MSZP és az SZDSZ 1994-es koalíciós megállapodása az SZDSZ-es művelődésügyi minisztériumra bízta az egyházügyet, a minisztériumot Fodor Gábortól átvevő Magyar Bálint elfogadta, hogy az a Miniszterelnöki Hivatalhoz kerüljön. Noha a vatikáni megállapodás ratifikációját az SZDSZ nem szavazta meg, Magyar az SZDSZ frakciójában bizalmi kérdéssé tette a közoktatási törvénynek a vatikáni megállapodáshoz igazodó módosítását. Azt a módosítást, amely az egyházi iskolák teljes finanszírozásával elindította az iskolaátadás újabb hullámát.