Egy kisebb fedélzeti tűzzel tehát hagyományos esetben meg tud birkózni a személyzet, amikor viszont nagyobb tűz tört ki egy utazómagasságon repülő gép fedélzetén, több esetben alulmaradtak a pilóták, és tragédia lett a vége.
A legtöbb áldozatot, 229 ember életét követelő fedélzeti tűz a SwissAir New Yorkból Genfbe tartó járatán, egy MD-11-es óriásgépen tört ki a kanadai Halifax közelében 1998-ban, a fedélzeti szórakoztató rendszer kábeleinek rövidzárlata miatt az utastér szigetelésénél felhasznált éghető anyagok gyulladtak ki. A pilóták jelezték az irányításnak, hogy füstöt érzékelnek, vissza is fordultak, hogy kényszerleszállást hajtsanak végre, és közben lesüllyedtek biztonságos magasságra. Bár leválasztották az utastér elektromos rendszerét az áramellátásról, mivel a szórakoztató rendszer kábeleit utólag szerelték be, így tudtukon kívül áram alatt hagyták, és tovább égett. Emiatt a tűz olyan hevessé fokozódott a pilótafülke mennyezeti borítása mögött, hogy végül átégette a gép vezérlőrendszereinek kábeleit is, a kabinban pedig hatszáz fokot is meghaladta a hőmérséklet. A pilóták végül elvesztették a gép irányítását és a tengerbe zuhantak.
Hasonlóan tragikus véget ért a dél-afrikai légitársaság Taiwan–Johannesburg járatát teljesítő Boeing-747 Combi, vagyis vegyes személy-teherszállító repülőgépe 1987-ben. Itt a tehertérben keletkezett a tűz, amelyet a feltételezések szerint valamilyen titkos katonai szállítmány okozott. A pilóták hosszú percekig próbálkoztak az oltással, még a repülőgép két ajtaját is kinyitották repülés közben, hogy kivezessék a sűrű füstöt, de végül nem értek el Mauritiusig, és a tengerbe zuhantak. 140 ember vesztette életét.
1996 májusában ismét egy repülés közben kitört tűz okozott katasztrófát, ezúttal egy, az egyesült államokbeli Miamiból felszálló DC-9-es repülőgép és 110 utasának pusztulását okozták a fedélzeten tomboló lángok. A Valujet légitársaság gépének az utaskabin alatti rakterében gyulladt ki a rakomány egy része, amelyek egy másik gépbe szánt oxigéngenerátorok voltak.
Ezek azok a berendezések, amelyek vészhelyzetben (tűz vagy nyomásvesztés esetén) a fedélzeti oxigénellátást biztosítják egy kémiai reakció segítségével. Ebben az esetben az történt, hogy valamitől beindult az oxigénfejlesztő reakció, és a kiszabaduló oxigén elérte a szintén a raktérben szállított, másik repülőgépre szánt gumiabroncsokat, amelyek a tiszta oxigéntől begyulladtak. A személyzet azonnal vészhelyzetet jelentett, megpróbált visszafordulni a legközelebbi repülőtérre, de a tűz olyan heves volt, hogy átégette az utastér padlóját, megrongálta a repülőgép vezérlőegységeihez vezető rendszereket, és a gép irányíthatatlanul a mocsárba zuhant.
Az említett esetekben legalább két közös vonás van: Több tíz perc telt el a tűz kitörése, illetve észlelése és a gép lezuhanása között, valamint a személyzet mindegyik esetben tudta jelezni a földi irányítás felé, hogy baj van.
Az egyiptomi gép esetében viszont pont ez a két dolog hiányzik, vagyis nagyon gyorsan eltűnt a radarokról az első automatikus ACARS-jelzések után, valamint a pilóták sem jelentettek vészhelyzetet.
Ha az ACARS adataiból levont következtetés helyes, vagyis a jobb oldali szélvédő túlmelegedett fűtése kisebb tüzet okozott a pilótafülkében a szélvédő közelében, de az ablak ezt kibírta, és a helyén maradt, akkor valamilyen drámai eseménynek kellett bekövetkeznie, mégpedig nagyon hirtelenül. Erre utal a vészjelzés elmaradása és az is, hogy a gép az első üzenettől számított pár perc múlva eltűnt a radarokról, vagyis lezuhant.
A korábbi fedélzeti tüzek eseménysorát és az egyiptomi géppel kapcsolatos eddig ismert adatokat összehasonlítva említést kell tennünk egy nagyon fontos fedélzeti rendszerről, a pilótafülke vészhelyzeti oxigénrendszeréről, amelynek fedélzeti tűz esetén az életmentés lenne a szerepe. Tűz esetén ugyanis a legelső dolga a pilótának, hogy felvegye a mellette-mögötte található rekeszben elhelyezett teljes arcot védő, félautomata oxigénmaszkot, hogy a füst ellenére cselekvőképes maradjon, és a legközelebbi repülőtéren le tudjon szállni a sérült géppel.
Az A-320-as vészhelyzeti oxigénrendszere úgy működik, hogy 35 000 láb magasság fölött automatikusan a kabinnyomással megegyező mennyiségű tiszta oxigént, ez alatti magasságon szintén a kabinnyomással megegyező, de nem tiszta oxigént, hanem oxigén-levegő keveréket juttat az álarcba. Ha vészhelyzet esetén fel kell venniük a maszkot, mert füst vagy valamilyen gáz jut a kabin levegőjébe, akkor a nyomást és keveréket szabályzó automatikát ki lehet iktatni, egy elforgatható szabályzógombbal a külső nyomásnál magasabb értékre lehet állítani a maszkban a nyomást, hogy a füst vagy a gáz ne juthasson be, illetve egy kapcsolóval a 35 000 láb alatti magasságban is lehet tiszta oxigénellátásra kapcsolni.
A maszknak a tárolóból történő kivételéhez össze kell nyomni az álarc alsó-középső részén található két rugós – leginkább egy túlméretezett ruhacsipeszre emlékeztető – piros színű fület (amely a rögzítésen kívül egyfajta szelepként is funkcionál, mivel összenyomott állapotban nem jön az oxigén), majd ezeket továbbra is összenyomva tartva fel kell helyezni a maszkot az arcra. Ezután ahogy a „csipeszt" elengedi a pilóta, a maszkon lévő pántok felfújódnak, hogy az álarc szorosan a fejre tapadjon, és rögtön elindul az oxigénnel dúsított levegő, vagy szükség szerint a tiszta oxigén áramlása. Minderről egy videót ide kattintva lehet megnézni
Amíg ez rendszer kifogástalanul működik, addig ennek berendezésnek életmentő szerepe van a biztonságban. De ha bármilyen hiba lép fel, aminek következtében a tiszta oxigén kijut a zárt rendszerből, az életmentésre tervezett rendszer időzített bombává válhat. Ugyanis a tiszta oxigénnek több olyan tulajdonsága van, ami rendkívül veszélyessé teszi. Az egyik ilyen jellemzője az, hogy képes mindössze attól meggyulladni, illetve tüzet okozni, hogy éghető anyaggal érintkezik. Ezért van az a közismert rendszabály, hogy tilos olajos kézzel vagy ronggyal oxigéntartályhoz érni, mivel gyújtóforrás nélkül is tűz keletkezhet.
De a legfélelmetesebb és legveszélyesebb az a jelenség, hogy az oxigénvezeték tüze képes az áramlással szemben is égni. Vagyis, ha egy cső, amiből oxigén áramlik (ez lehet maga a maszk is), nyílt lánggal kerül kapcsolatba, akkor két dolog történik: 1. a hegesztőpisztolyhoz hasonlatosan egy vakító és magas hőmérsékletű szúróláng tör ki a csőből, egyfajta lángszóróként. 2. a tűz „visszafelé" is terjed, vagyis az oxigénellátó rendszerbe is betör. (A tiszta oxigén égéséről egy látványos videó itt nézhető meg.)
A tiszta oxigén többször okozott már súlyos katasztrófát, az űrrepülésben is, mégpedig 1967-ben a NASA Hold-programjának a célegyenesében. Január 27-én az indítópadon álló Apollo-1 űrhajóban a repülés előtti egyik utolsó teszt során egy rövidzárlat keletkezett. A tiszta oxigénnel feltöltött kabinban a szikrák pillanatok alatt pokoli tűzvészt idéztek elő, a bent tartózkodó három űrhajós, név szerint Virgil „Gus" Grissom, Edward H. White és Roger B. Chaffee alig több mint egy perc alatt életét vesztette.
De nem is kell ennyire messzire menni sem időben, sem térben, ugyanis a mostani katasztrófában érintett légitársaság, vagyis az EgyptAir történetében is akadt már példa pilótafülkében kitört tűzre, amelyben nagy szerepe volt a tiszta oxigénnek. 2011. július 29-én a kairói repülőtéren egy indulni készülő Boeing-777-200-as típusú gép pilótafülkéjében csaptak fel a lángok. A személyzet elmondta, hogy a felszállás előtti ellenőrzéskor az előírások szerint oxigénrendszert is kipróbálták, teljesen rendben működött, majd kis idő múlva egy pukkanást hallottak az elsőtiszt maszkja felől, ezzel egy időben sziszegést, ami után kitört a tűz. Megpróbálta eloltani, ezzel egy időben megkezdték a gép kiürítését, a fedélzeti tűzoltókészülék azonban hatástalannak bizonyult. (Hála a személyzet felkészültségének és az időben megkezdett kiürítésnek, csupán néhány utas szenvedett könnyebb sérüléseket.) A pilótafülkét végül a repülőtéri tűzoltók több mint másfél órás küzdelem árán tudták eloltani. A repülőgép súlyosan megrongálódott, a pilótafülke teljesen kiégett. A tűz erejére jellemző, hogy még a külső burkolata is több helyen teljesen átégett.
A későbbi vizsgálatok megállapították, hogy maga a rendszer sértetlen, de a feltételezések szerint valahol az oxigénrendszer közelében zárlat keletkezhetett, a zárlatos vezeték hozzáért a rozsdamentes acélból készült oxigéncsövekhez, az így okozott ívkisülés pedig begyújthatta a csőben lévő oxigént. Ezt nem sikerült kétséget kitáróan bizonyítani, de ez maradt a kairói baleset legvalószínűbb oka.
Ha az MS 804-es járaton valóban tűz ütött ki, és a vészhelyzeti eljárást betartva az álarcot fel kellett vennie a személyzetnek, a 37 000 láb repülési magasság miatt valószínűleg tiszta oxigént juttatott a rendszer a pilótának. Viszont ha a maszk nem működött megfelelően (nem zárt hermetikusan, megsérült a cső), a tiszta oxigén kijuthatott a rendszerből. A másik elképzelhető oka az oxigén kijutásának pedig az, hogy a jobb oldalon ülő elsőtiszt esetleg elejthette, vagy rosszul helyezhette fel az álarcot, így elengedve a korábban említett rugós kapcsolót, amely megakadályozza, hogy a maszk felvétele előtt elinduljon az oxigén áramlása.
És itt jön képbe az emberi tényező. A baleset egyiptomi idő szerint hajnali fél háromkor történt. Az ember teljesítőképessége hajnali kettő és három óra között a legrosszabb, a bioritmusunk szerint ilyenkor alszunk a legmélyebben. Pontosan emiatt több nagy katonai akció, például az 1990-es Sivatagi Vihar is hajnali kettőkor kezdődött. Vagyis azért mert ha az ember ébren is van, ebben az időpontban a legfáradtabb, legfigyelmetlenebb, így a hadművelet kezdetekor nagyobb esély mutatkozott a sikerre és a veszteségek csökkentésére.
A legtöbb légitársaság pont ezért engedélyezi, hogy a hosszabb utakon a pilóták felváltva pihenjenek. Légitársaságonként ugyan eltérőek a szabályok, de az általános, hogy a leszállás megkezdése előtt fél órával mindkét pilótának ébren kell lennie.
A baleset időpontjában az EgyptAir járata körülbelül 550 kilométerre volt Kairótól, vagyis legalább még egy órás út állt előtte. A személyzet délután 16:50-kor repült át Kairóból Párizsba, vagyis már délután egykor a repülőtéren kellett lenniük. Ha ehhez hozzáadjuk még a repülőtérre való kijutást is, akkor világosan látszik, hogy a baleset időpontjában már közel 14 órája voltak szolgálatban, ráadásul hajnali fél három volt – vagyis az az időszak, amikor a leggyengébb az ember teljesítőképessége.
Nem lehet kizárni, hogy a feltételezett kisebb tűz kitörésekor az egyik pilóta (a jobb oldalon, tehát a tűz közelében ülő elsőtiszt) még a pihenőidejét töltötte vagy már éppen ébredezett, de a hirtelen bekövetkező eseményektől megriadva hibázhatott a maszk felvételekor. Esetleg a kapkodásban pánikba esve elejthette a maszkot, így az oxigén kapcsolatba került az égő vagy szikrázó részekkel, drámaian megnövelve a tűz intenzitását. Ráadásul mint korábban említettük,.az oxigén egyfajta gyújtózsinórként képes a vezetékben visszaégni, magát a flexibilis gumicsövet is meggyújtva, így a tűz akár az oxigénpalackig is eljuthatott.
Az A-320-as pilótafülkéjét ellátó oxigénpalack éppen az ACARS hibaüzenetek során említett „Avionics" rekesz mellett-mögött található, éppen a gép elejének bal oldalán található fedélzeti toalett alatt. Vagyis akár egy, az oxigénvezetéken át a palackig eljutó heves tűz is okozhatta a WC és az avionika rekeszében található füstérzékelő riasztását. A riasztásokon túl két nagyon súlyos problémát okozhatott az, ha a tűz eljutott az oxigénpalackig. Az egyik – ami a valószínűbb – hogy a kiáramló égő oxigén begyújthatta a környezetében található anyagokat, akár a fémeket is. Ha egy oxigénpalack tűzbe kerül, akkor a következő történik: az intenzív hőtől a palackban rendkívül gyorsan fokozódik a nyomás, ami azt eredményezi, hogy még nagyobb intenzitással és lángcsóvával fog égni a kiáramló oxigén, egyfajta lángvágóként égetve át mindent, ami az útjába kerül, akár még a gép szerkezetét is.
A másik, még veszélyesebb dolog, ami ilyenkor bekövetkezhet, hogy a tomboló tűz miatt annyira megnő a palackban a nyomás, hogy az oxigén már nem képes a szűk kimeneti nyíláson kijutni, és egy idő után egyszerűen felrobban. Ez esetben a gépre ható erő, valamint a szerkezetben bekövetkezett roncsolódás mértéke egy nagyobb bomba felrobbanásának hatásával egyenlő.
Az emberi tényező egyébként magyarázatul szolgálhat a vészjelzés elmaradására is. Az A-320-as repülőgép kommunikációs rendszerének rádiópanelján van egy kapcsoló, amely azt a célt szolgálja, hogy ha a pilóta felveszi a maszkot, a rádió normál üzemmódban használatos mikrofonját átkapcsolja a maszkba építettre. Ha ezt a kapcsolót a pilóta a fülkében uralkodó zűrzavarban elfelejtette átkapcsolni, akkor hiába próbált meg vészjelzést leadni, az adása nem ment ki. Ez lehet az egyik és legvalószínűbb magyarázat a géppel való rádiókommunikáció megszakadására.
Ha esetleg valóban a fent leírthoz hasonló eseménysor történt, vagyis a feltételezett tűz vagy szikrázás közelében jutott ki a tiszta oxigén, ami aztán kapcsolatba került a nyílt lánggal, vagy csak egy izzó vezetékkel, akkor a gép sorsa abban a másodpercben megpecsételődött. A tűz a korábban említett kairói EgyptAir Boeing-777-es esetéhez hasonlóan pillanatok alatt lángba boríthatta az egész pilótafülkét, sőt, percek alatt átégethette a gép burkolatát is. Ha ehhez még azt a feltételezést is hozzáadjuk, hogy az oxigénpalack is felrobbanhatott, akkor ezek az események olyan szerkezeti károsodást okozhattak, amelyet nem bírt ki a törzs, és széteshetett a levegőben.
A repülőgép levegőben történt szétesésének verzióját a radarokról való eltűnésen kívül megerősítik az első felvételek a roncsokról is, ugyanis csak nagyon kevés és kisméretű roncsdarabot találtak. Ráadásul több megtalált darabon, például egy női kézitáskán is olyan sérülések látszanak, amelyek valamilyen repesz okozta nyomra utalnak.