A nemzeti park alig ismert műemléke a martonyi Háromhegyi pálos kolostor. A ma mindössze húsz magyarországi barátot számláló pálosoké az egyetlen magyar alapítású szerzetesrend. A gótikus stílusú kolostor virágkorának a törökdúlás vetett véget, mintegy 450 évig elhagyatottan állt. A legépebben fennmaradt pálos templomot egy máig ritka megoldás óvta meg: a támaszfalakat triászkori nehéz mészkőből emelték, a födém építésénél viszont könnyű folyami mészkövet használtak, amely harmadannyit nyom.

1997-től a kolostor és környéke az Aggteleki Nemzeti Park tulajdonába került, a templom falai és tetőszerkezete újjáépült. Ehhez azonban két 140 éves bükkfát ki kellett vágni, mert a templom hajójában gyökereztek. Ezt többen ellenezték, csakhogy a két öreg fa veszélyeztette a felújítást, sőt a romokat is.