Sebestyén János 1931. március 2-án született Budapesten muzsikus családban: édesapja gordonkaművész, édesanyja zongoraművész volt. A kisfiú érdeklődése hamar a zene felé fordult. A konzervatóriumban, ahol édesanyja is tanított, zongorázni tanult, az orgonát édesapja ajánlotta számára azzal az indokkal, hogy egy orgonistának kevesebbet kell gyakorolnia; a zongoratechnika megszerzése után nem okozott számára nehézséget az orgonával való megismerkedés sem. 

Sebestyén János a zeneművészeti főiskola zongora-, orgona- és zeneszerzés szakán folytatta tanulmányait, s még főiskolás volt, amikor a Magyar Rádióhoz került - a velük egy házban lakó Huzella Elek zeneszerzőnek köszönhetően lett rádiós, az intézménynek 1950-től öt évtizedig maradt a munkatársa. 

A zongora és az orgona mellett hamarosan egy újabb hangszernek, a csembalónak is kiváló "tudósa" lett. 1970-ben, Kovács Dénes hegedűművész rektorsága idején, tanszéket alapított az akkoriban még különlegességnek számító hangszernek, s hosszú ideig tanszékvezetőként oktatta a jövő csembalósait (a tanítással csak néhány éve hagyott fel). 2000-ben ő szervezte meg az első hazai nemzetközi csembalóversenyt, amelynek egyben zsűrielnöke is volt, ahogy öt alkalommal elnökölt a Liszt Ferenc nemzetközi orgonaversenyen is. A zongorától sem távolodott el, Lantos Istvánnal több mint két évtizedig adott négykezes koncerteket.

Sebestyén János számos európai és tengerentúli országban koncertezett, s közel száz hanglemezt rögzített itthon és külföldön. A nagy barokk klasszikusok (Bach, Ha:ndel, Scarlatti, Buxtehude) csembaló- és orgonaművei mellett vele jelent meg Haydn szonátáinak Hungaroton-összkiadású csembalóalbuma, lemezre játszotta többek közt Liszt összes orgonaművét és Purcell valamennyi csembalóművét, s ő készített Magyarországon elsőként kétorgonás felvételt.

Zenepedagógiai tevékenysége és hangverseny-fellépései mellett népszerűek voltak rádiós műsorai is, mint az Egy rádiós naplójából, Azok a rádiós évek..., az Emlékek szárnyai című sorozatok. Rádiós műsoraiban beszélgetőpartnerei élete érdekelte, vendégei közt volt színész, nagykövet, zenész egyaránt. A televízióban külföldön élő művészek portréival jelentkezett, s hosszú időn keresztül az ő értő kommentálásával közvetítette a televízió a hagyományos bécsi újévi koncertet, valamint a magyarországi karmesterversenyeket. Mindezek mellett könyvet írt az Oscar-díjas magyar születésű Rózsa Miklós zeneszerzőről, valamint a rádió történetéről.

A sokoldalú zeneművész-rádiós jól beszélt németül, angolul és svédül, s hobbija volt egyebek mellett archív dokumentumlemezek, telefonkönyvek, régi újságok, valamint vasúti menetrendek gyűjtése.

Sebestyén Jánost munkássága elismeréseként itthon Erkel Ferenc-díjjal (1967) és Liszt Ferenc-díjjal (1974) tüntették ki, megkapta az Érdemes Művész címet (1982), a Magyar Köztársasági Érdemrend tiszti keresztjét (2000), továbbá több külföldi ország kitüntetését.

75. születésnapján adott egyik interjújában arra a kérdésre, hogy mitől lenne jobb kedvű, így felelt: "Apám 71 éves volt, amikor meghalt, anyám 91. Ha a közepét veszem, ami nonszensz, akkor még van hat évem..."

Sebestyén János március 2-án töltötte volna be 81. életévét.