A vád Biszku Béla terhére rója azt is, hogy karhatalmisták 1957 márciusában három akadémiai kutatót súlyosan bántalmaztak Martonvásáron, ám a felelősségre vonás elmaradt.
Biszku a büntetőperben részletes vallomást nem tett, de bűnösségét mindvégig tagadta. A tárgyalásokra tolószékben érkezett, két idős nőrokona támogatta, nagyothalló készüléken kísérte figyelemmel az ellene folyó eljárást.
Tavaly májusban az első fokon eljárt Fővárosi Törvényszék nem jogerősen öt és fél év szabadságvesztésre ítélte Biszku Bélát felbujtóként, több emberen elkövetett emberöléssel és bűnpártolással megvalósított háborús bűntett és más bűncselekmények miatt. Ezen túlmenően az elsőfokú bíróság a vádirattal összhangban kimondta Biszku bűnösségét a kommunista rendszer bűneinek nyilvános tagadása elnevezésű bűncselekmény miatt, ugyanis a vádlott 2010-ben egy televíziós nyilatkozatában arról beszélt, hogy 1956-ot ellenforradalomnak tartja, és szerinte akkoriban nem koncepciós perek folytak. Továbbá az elsőfokú bíróság kimondta Biszku bűnösségét lőszerrel visszaélés miatt is, mert a nyomozás során az egykori kommunista pártvezető lakásán tizenegy töltényt találtak.
Az elsőfokú döntés ellen a vád életfogytiglan kiszabása, a védelem pedig az eljárás megismétlése érdekében fellebbezett.
Júniusban a másodfokon eljárt Fővárosi Ítélőtábla, részben a védői érveléssel összhangban, kimondta: az elsőfokú döntés annyira megalapozatlan, hogy arra érdemi másodfokú határozatot nem lehet építeni. A törvényszék nem tett eleget ügyfelderítési, indoklási kötelezettségének és súlyos bizonyítás hibákat vétett. A megismételt elsőfokú büntetőper lefolytatásához részletes utasításokat adott a tábla. Előírta például annak tisztázását, hogy milyen körülmények között keletkeztek a bizonyítékként felhasznált, több mint fél évszázaddal ezelőtti dokumentumok, és hogyan működött a karhatalom.
Rúzsás Róbert, a tábla tanácselnöke akkor, szóbeli indoklásában megjegyezte: nem kizárt, hogy a további bizonyítás eredményre vezethet. Ehhez tisztázni kell többek között, hogy a szovjet megszálló erők mennyiben követték a magyar hatóságok utasításait.
A bíró hangsúlyozta: a történelmi felelősség és a büntetőjogi felelősség megállapítása között lényegi különbség van, az egyikre a történelemtudomány, a másikra a büntetőjog szabályai vonatkoznak.
A határozathirdetés után Biszku Béla védője újságíróknak azt mondta: megnyugtató, hogy a magyar igazságszolgáltatás képes korrigálni hibáit, ugyanis a Biszku-ügy politikailag motivált. Magyar Gábor hangsúlyozta: ügyfele és az egész társadalom számára egyaránt az a legfontosabb, hogy kiderüljön az igazság. Ezt azonban nem segíti, ha a hatóságok nyomás alá kerülnek és előre gyártott koncepciók alapján közelítenek egyes ügyekhez - tette hozzá.
A másodfokú, hatályon kívül helyező döntés után a kormánypártok mielőbbi döntést sürgettek. Gulyás Gergely fideszes képviselő szerint a tábla határozata azt mutatja, hogy a magyar igazságszolgáltatás egésze még a legnyilvánvalóbb bűnösökkel szemben sem képes olyan eljárás lefolytatására, amely során igazságügyi, jogi és történelmi igényességgel egyértelműen tisztázható lenne, milyen szerepet játszottak a pártállam kommunista vezetői az 1956 októberi forradalmat követő tömeggyilkosságokban.
Lázár János Miniszterelnökséget vezető miniszter akkoriban a Biszku-üggyel összefüggésben úgy fogalmazott: "én azok közé tartozom, akiket az ítélet indoklása kifejezetten felháborít". Trócsányi László igazságügyi miniszter a parlamentben azt mondta: hosszú eljárásra van kilátás, jobb lett volna, ha döntés születik. "Valószínűleg az élet fogja megoldani ezt a problémát" - jegyezte meg a vádlott korára utalva a miniszter.
Ibolya Tibor fővárosi főügyész június közepén arcpirítónak nevezte a másodfokú határozatot, mint mondta: a védelem "csörgősipkás bohócot" csinált a táblából, amely nem mert eleget tenni kötelességének és inkább mondvacsinált indokokkal visszaküldte az ügyet első fokra.
Katona Gábor, a Nemzeti Emlékezet Bizottsága jogi főosztályának vezetője júniusban arról beszélt: a Biszku-per tapasztalatait is figyelembe véve jogalkotási javaslatokat dolgoztak ki. Lengyel példára lehetővé tennék, hogy akár elhunyt elkövetővel szemben is lefolytatható legyen a büntetőeljárás. Földváryné Kiss Réka, a bizottság elnöke akkoriban úgy fogalmazott: amikor Biszku Béláról beszélünk, tulajdonképpen a pártállamról beszélünk. Megkérdőjelezhetetlen a felelőssége az 1956-os forradalom utáni megtorlásokban.