A Társaság a Szabadságjogokért jogvédő szervezet ezért kilenc, státuszától megfosztott egyház képviseletében az Alkotmánybírósághoz és az Emberi Jogok Európai Bíróságához fordult a törvény által okozott jogsérelmek orvoslása érdekében.

Az Alkotmánybírósághoz a megváltozott szabályok miatt törvény ellen csak egyéni panaszos, és ő is csak kivételes esetben fordulhat. A TASZ szerint a törvény "lényeges pontjain sérti Panaszosnak a Magyarország Alaptörvénye VII. cikk (1) bekezdésében biztosított gondolat-, lelkiismeret- és vallásszabadságát, XV. cikk (2) bekezdésében biztosított egyenlőséghez való jogát, XXVIII. cikk (7) bekezdésében biztosított jogorvoslathoz való jogát, valamint mindezekkel összefüggésben a B. cikk (1) bekezdésében foglalt jogállamiság követelményeit, és sérti azokat a nemzetközi jogi kötelezettségeket, amelyek Magyarországot az Alaptörvény Q. cikke alapján kötelezik".

Úgy vélik, hogy a jogállamiság követelményének a sérelmét elsősorban az alapozza meg, hogy a törvény szerzett és törvényesen gyakorolt jogaiktól fosztotta meg panaszosokat. A sérelmet súlyosbítja, hogy a törvény hatályba lépése előtt mindössze egy napjuk volt a címzetteknek arra, hogy megismerjék a normaszöveget és felkészüljenek az egyházként történő elismerés feltételeit jelentősen átalakító új szabályok alkalmazására, mely szabályok több ponton nem is egyértelműek.

A jogorvoslathoz való jog abszolút sérelmét jelenti az, hogy az elismerésről a parlament dönt, így a döntés ellen nincs kihez fellebbezni. A lelkiismereti szabadságot sérti a törvény azzal, hogy a vallás fogalmának meghatározása nem semleges az egyes világnézetek tekintetében. Sérül továbbá az állam és az egyház szétválasztásának elve is, mert amíg az elismerésről a parlament dönt, addig az a pártpolitikai erőviszonyok, és nem normatív kritériumoknak való megfelelés függvénye.

A jogvédők szerint nem mér egyenlő mércével a törvény akkor, amikor vallásnak csak azt tekinti, ami megfelel az említett definíciónak, és akkor sem, amikor az önkényesen kiválasztott egyházakon nem kéri számon a megszigorított követelményeket, mindenki máson viszont igen. Kiemelték: az Európa Tanács tagjaként hazánknak kötelessége megfelelni az Emberi Jogok Európai Egyezményének, az Egyezmény sérelme tehát nemzetközi jogi kötelezettségszegést jelent.