Az egyházügyi törvényt kifogásoló beadványokban – a közjogi érvénytelenség mellett – többek között a vallásszabadság, az állam és egyház szétválasztásának elve, a jogállamiság, a jogorvoslathoz és a tisztességes eljáráshoz való jog, a hátrányos megkülönböztetés tilalma megsértését vetették fel. A jogszabály érdemét érintő beadványokkal viszont a testület nem foglalkozott.

Az eljárás során az AB ugyanis megállapította, hogy közvetlenül az egyházügyi törvény zárószavazása előtt olyan módosító indítványokat nyújtottak be, amelyek a tervezet lényeges változását okozták. A házszabály szerint azonban ilyenkor csak olyan javaslatokról szavazhatnak, amelyek az adott előterjesztés belső ellentmondásainak vagy más jogszabályokkal való ütközésének feloldását célozzák.

Ezúttal nem koherenciazavarról volt szó, hanem koncepcionális kérdésekről – mutatott rá határozatában az AB. Az utolsó utáni pillanatban benyújtott javaslatok alapján csökkent az államilag elismert egyházak száma, és változtak például az egyházi jogállás megszerzésének szabályai. Az eredeti tervezet szerint az egyházakat a bíróság vette volna nyilvántartásba, a módosítás pedig azt tartalmazta, hogy e státusról a parlament kétharmados többséggel dönthet. Ha viszont ilyen módon, a Házszabály egy fontos garanciális szabályát figyelmen kívül hagyva fogadnak el egy törvényt, azzal a minőségi jogalkotás biztosítékai vesznek el, s kiüresítik az általános és részletes vitát – indokolta döntését az AB, amely ugyanakkor felhívta a parlament figyelmét arra, hogy nem a most megsemmisített törvény rendelkezik a lelkiismereti és vallásszabadságról, illetve az egyházakról szóló jelenlegi törvények hatályon kívül helyezéséről. Ezért az új norma elfogadásáig a „hatályon kívül helyezés kiküszöbölésével” kell gondoskodni „a lelkiismereti és vallásszabadsággal, valamint az egyházakkal kapcsolatos életviszonyok” szabályozásáról.

A határozathoz Bragyova András és Holló András párhuzamos indokolást fűzött, Dienes-Oehm Egon, Paczolay Péter és Pokol Béla különvéleményt csatolt. Paczolayhoz csatlakozott Szalay Péter és Szívós Mária is. Ők öten – bár más-más okból – nem értettek egyet a törvény megsemmisítésével. Például Paczolay szerint önmagában az, hogy a jogszabályt házszabályellenesen fogadták el, még nem alkotmánysértő, ez tehát nem alapozza meg a közjogi érvénytelenséget. E döntéssel tehát az alkotmánybírák a házszabályt szinte az alaptörvény rangjára emelték.

Dienes-Oehm más okból vitatja a határozatot: szerinte a zárószavazás előtt a koherenciazavart szüntették meg, mert az eredeti tervezet maga tett különbséget az egyes egyházak között, és ezt a helyzetet meg kellett szüntetni, az elismert egyházak számának csökkentése pedig szerinte csupán „mennyiségi kérdés”. Pokol szerint az AB döntése „indokolatlan beavatkozást jelent a törvényhozás során keletkező különböző politikai és szakmai egyeztetések sorozatában”. Álláspontja, hogy az AB-nek „tartózkodnia kell attól, hogy beleszóljon ebbe a folyamatba”. Szerinte legfeljebb „abban az esetben indokolt beavatkozni a demokratikus jogállam védelme érdekében, amikor a demokratikus törvényhozási akaratképzés számszerű arányait rögzítő eljárási rendelkezések kerülnek megsértésre, vagy más pontosan megjelölt eljárási aktus kimarad”.

A Fidesz frakcióvezetője az MTI-nek adott nyilatkozatában leszögezte: az AB hétfői döntéseit és azok előkészítését a Fidesz – „minden korábbi hírrel ellentétben” – nem ismerte. „Tiszteletben tartjuk az AB integritását, semmiféle háttéregyeztetés, megbeszélés nem folyik az AB és a Fidesz-frakció között” – hangsúlyozta, hozzáfűzve, hogy a testület döntéseit is tiszteletben fogják tartani. Lázár János szavai szerint az új egyházügyi törvényjavaslatot legkésőbb szerdán benyújtják, az általános vitát csütörtökön, a részletes vitát december 28-án tervezik megtartani, a döntés pedig az új jogszabályról december 30-án születhet meg. Az új jogszabály tartalmában nem különbözik majd attól, amit most megsemmisített az AB.